A szakkörök önkéntes alapon szerveződő tanórán kívüli foglalkozásuk. Tartalmuk tantervileg nem kötött, a szaktanár és a tanulók érdeklődése közösen szabja meg. Általában bizonyos évfolyam tanulóinak hirdetjük meg, de ez sem követelmény, a résztvevők szempontjából lényegében egyetlen közös elem van: a tantárgy vagy annak speciális részterületei iránti megkülönböztetett érdeklődés.
A szakkör sikere a témaválasztásnál dől el leggyakrabban. Ne „biológia” szakkört indítsunk, hanem válasszunk valamilyen, a saját érdeklődésünkhöz is közel álló szűkebb témát, amiben mi magunk is szívesen elmélyednénk, de az órarendi órákon az idő hiánya vagy a magas osztálylétszám és egyéb kötöttségek miatt ezt nem tehetjük meg (pl. boncolási szakkör, laborvizsgálati szakkör, városi ökoszisztéma terepgyakorlat, versenyfelkészítés, terrarista szakkör stb.). Egyedülálló terepe lehet egy szakkör az interdiszciplináris megközelítésű tematikáknak, amikor nem a biológián belüli valamely részterületben mélyedünk el, hanem a különféle tantárgyak határait feloldva találunk ki programot. Ezek lehetnek látszólag távol álló területek is, pl. biológia+történelem → történeti antropológia (pl. a Kárpát-medencei népességek története), biológia+művészetek → biológia a filmművészetben (klónok, szörnyek, őrült tudósok).
A szakköri tematikák kidolgozásánál különösen nagy létjogosultsága van a nyílt tervezésnek tehát, hogy a tanulókat is bevonjuk a részletek kidolgozásába. Részvételükkel felelősségérzetük fokozódik, munkakedvük is nagyobb lesz. A tanár szerepe ilyenkor elsősorban abban áll, hogy a sokféle ötletet segítsen összerendezni, hogy a foglalkozásoknak legyen valamiféle tematikus íve, kitűzött célja, tudjuk, hogy hogyan érhetjük azt el. A szakkör utolsó foglalkozásánál értékeljük az éves munkát, de nem osztályzattal, hanem a megvalósított dolgok leltárba vételével, hozzátéve, hogy a szakkör tagjai miben és hogyan járultak mindehhez hozzá.
Nevelési szempontból hasznos, ha a szakköri munka az iskola nyilvánossága előtt is megjelenik. Kiállítás, videóbemutató, vitafórum rendezése stb. mind-mind alkalmasak erre, további értelmet adnak az éves tevékenységnek, pozitívan alakítják a diákok személyiségét, egyéniségét.
A szakköri munka során alkalmazott módszerek sokszor életkorfüggőek, de általánosságban elmondható, hogy zömmel a nem frontális munka eszköztárából kerülnek ki. Általános iskolai tanulóknál egyszerűbb tantermi és terepvizsgálatok, mikroszkopizálás, tanulmányi séták, növények és állatok fajismereti vagy biogeográfiai szempontú bemutatása lehet eredményes. Középiskolában már komolyabb mérések (pl. környezetkémiai vizsgálatok), preparatív laboratóriumi munka is szóba jönnek. Nyithatunk kötetlenebb projektek irányába is: a tanulók ebben az életkorban már alkalmasak hivatalos szervekkel kapcsolatot létesíteni, a lakosság tájékoztatásába bekapcsolódni (pl. helyi szintű döntések előkészítése során vagy javaslataik alátámasztására, megvitatására). Kérdőívek összeállítását, kiértékelését, vitafórumok vezetését is rájuk bízhatjuk.